第六季紧接第五季结局，克拉克在幻影区释放了佐德将军的恶灵，巨石阵崩塌导致裂缝扩大，斯莫维尔镇上空出现了第二个月亮。莱克斯·卢瑟在知晓克拉克秘密后，暗中组建了秘密实验室研究氪星科技，同时与拉娜的婚姻在谎言与利用中走向毁灭。佐德将军的肉身从幻影区逃出，但来到地球后发现氪星已灭，他将怒火转向了克拉克，要求克拉克用氪星钥匙打开“孤独堡垒”的最终密室——里面存放着一支足以重塑地球生态的“世界引擎”。克拉克必须在拯救小镇、保护朋友、阻止莱克斯之间做出选择，而他第一次意识到，有些敌人无法用力量打败，比如曾经最好的朋友。
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第六季是系列转折点，彻底告别青春校园路线，走向成人世界的沉重。莱克斯彻底黑化的过程写实而令人心碎，佐德将军的压迫感历代最强。
